En general, hacer una medición de un sistema físico implica interactuar físicamente con él, y esa interacción afecta al sistema. Esto se llama a veces el efecto observador. Por ejemplo, para que un termómetro mida la temperatura de un vaso de agua, se pone en contacto térmico con el agua para que el calor se intercambie entre el termómetro y el agua hasta que se alcance el equilibrio, de modo que el termómetro y el agua estén a La misma temperatura. El intercambio de calor, sin embargo, altera la temperatura del agua. Normalmente, el cambio en la temperatura del agua debido al termómetro es tan pequeño que se puede ignorar. Sin embargo, para una cantidad muy pequeña de agua, el efecto no puede ser ignorado.
El principio de incertidumbre de Heisenberg, sin embargo, no es lo mismo que el efecto observador. Cuando Heisenberg derivó por primera vez el principio de incertidumbre, motivó su derivación con un experimento mental conocido como el microscopio de Heisenberg, que mostraba cómo las perturbaciones en las mediciones limitan la precisión de conocer la posición y el momento de una partícula. Pero su derivación del principio de incertidumbre se deriva del formalismo matemático en sí, y no se basa en el ejemplo del microscopio. Si bien los límites debidos a la perturbación de la medición son consistentes con el principio de incertidumbre, esas perturbaciones no son la razón fundamental para ello. En cambio, el principio de incertidumbre se entiende con mayor precisión como una característica fundamental de los sistemas cuánticos en sí mismos.
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