Si entiendo su pregunta, ePub no tiene una capacidad de control de versiones incorporada: puede codificar manualmente los cambios, comentar el texto antiguo y agregar nuevo, pero eso es todo. Recuerde: los archivos ePub (los que se muestran, de todos modos) son solo XHTML.
Si, por otro lado, está preguntando sobre el seguimiento de la versión … Bueno, puede agregar una etiqueta en el archivo OPF que realiza un seguimiento de la versión:
1.1.2
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Esa es una etiqueta específica de Apple, pero debería pasar el epubcheck. Es posible que deba agregar esta declaración a la etiqueta del paquete al comienzo del archivo OPF:
prefix = “ibooks: http://vocabulary.itunes.apple.com/rdf/ibooks/vocabulary-extensions-1.0/”
Además, en la página de derechos de autor (donde aparecería la clave de la impresora en un libro impreso), generalmente pongo el mismo número de versión, de modo que el lector y yo tengamos una forma fácil de verificar qué versión de un libro electrónico tienen.