¿Las universidades prestigiosas miran los grados que obtenemos en el noveno año?

Supongo que te refieres a lo que sería el año 9 en una escuela británica?

De su pregunta no queda claro si está pensando en postularse a una universidad en el Reino Unido o Canadá / Estados Unidos.

Ciertamente, si está solicitando ingreso en una universidad del Reino Unido, sus resultados en el Año 9 son algo que no pueden ver: no hay espacio en el formulario UCAS (la aplicación universitaria estándar utilizada por prácticamente todas las universidades del Reino Unido, incluidas Oxbridge y el resto del Grupo Russell)
Además, sus resultados del año 9 serían de muy poco valor para una universidad: no hay un sistema estandarizado de evaluación o calificación en el año 9, e incluso si lo fueran, los resultados estarían desactualizados en tres años en el momento en que realizó la solicitud.

No tener GCSE no es un problema si estuvo en la escuela en otro país en el momento pertinente. Las universidades tienen una buena práctica en la interpretación de las calificaciones que ofrecerá tu escuela (especialmente las prestigiosas que atraen a más estudiantes extranjeros)
Al mismo tiempo, si se muda en el año 9, debería tener tiempo más que suficiente para adaptarse al nuevo sistema antes de ubicar su SATS: no me preocuparía que la medida afecte sus resultados.